實驗動物設施按功能分類為：實驗動物生產設施、實驗動物實驗設施、實驗動物特殊設施。

生產設施是指用於實驗動物繁育、生產的建築物、設備及運營管理在內的總和。

實驗動物實驗設施是指以研究、教學、實驗生物製品和藥品生產為目的，進行實驗動物飼育、實驗的建築物及設備及運營管理在內的總和。

設施等級是按照《實驗動物環境及設施(GB 14925-2010)》根據微生物控製將設施分為普通環境、屏障環境和隔離環境。

1、普通環境  普通環境設施是一種開放環境設施，飼育環境基本符合動物的生長、繁育要求，但不能完全控製傳染病、寄生蟲等其他幹擾因子。目前齧齒類實驗動物已經取消普通環境下飼養，大動物飼育在普通環境設施下較多。

2、屏障環境  屏障設施主要用於清潔級、SPF級動物的飼育和動物實驗。有正壓屏障構造、負壓屏障構造(生物安全屏障係統)，也有用層流架(正壓／負壓)或隔離器做SPF級屏障係統。是指在汙染區和清潔區之間設有嚴格的屏障，即飼育環境是密閉的，通過屏蔽裝置與外界相通，送入飼養室內的空氣要經過初效、中效、高效三級過濾，潔淨度要求達到7級，除生物安全屏障係統為負壓以外，通常應保持為正壓，且不低於10Pa；排風口設有防空氣倒流裝置。送入的一切物品都要進行嚴格的消毒滅菌後，經特製的傳遞裝置送入，進入屏障內的工作人員也要進行嚴格的微生物控製。

3、隔離環境  隔離環境主要用來飼育無特定病原體、悉生以及無菌實驗動物。隔離環境設施內的空氣、飼料、水、墊料等一切物品均為無菌，動物和物品經過特殊傳遞，既保證了與外界隔離狀態，又能保持內環境正常運轉。

對應設施，實驗動物按微生物學控製方法分類分級為四級:

一級動物:即普通動物,指飼養於開放係統或簡易屏障係統,未經積極的微生物控製的帶菌動物。但此類動物不同於非實驗用通常動物,它不得帶有人畜共患病病原體和嚴重危害動物種群的微生物和寄生蟲。

二級動物:即清潔動物.飼養於簡易屏障係統或屏障係統。其飼料、墊料、用具、空氣、人員服裝均已經消毒處理。在一級動物微生物控製基礎上排除了危害本動物種群的徽生物和寄生蟲。

三級動物:即無特定病原體動物，指機體內無特定的微生物和寄生蟲存在的動物。其由無菌動物而來,原則上不允許存在病原體,較二級動物控製要求更嚴格。

四級動物:即無菌動物。飼養於隔離係統.機體內無任何用現代監測手段可檢出的寄生物(微生物和寄生蟲)或所有非植入的微生物和寄生蟲的動物。在自然界中不存在,必須用人為方法培育而成。