對不同級別的實驗動物在動物房設計上和管理上則有不同的要求。

無菌、已知菌以及無特殊病原體動物都需要在無菌或盡可能無菌的環境裏飼養，這種環境，目前國際上通用稱為屏障環境，即用一道屏障把動物與周圍汙染的環境隔開，就如胎鼠在母鼠子宮內一樣。

這種環境從控製微生物的角度分為隔離係統、屏障係統、半屏障係統、開放係統和層流架係統等五大類。

1.隔離係統

是在帶有操作手套的容器中飼養動物的係統，用於飼養無菌動物和棲生動物。內部保持按微生物要求的100級的潔淨度，但其設置的房間及操作人員不必按無菌室考慮。

2.屏障係統

把10000～100000級左右的無菌潔淨室作為飼養室，主要用於無特殊病原體動物的長期飼養和繁殖。入室施行嚴格管理，如淋浴、換貼身衣服等。

3.半屏障係統

放寬對屏障係統中人及物出入房間時的管理，平麵組成大致與屏障係統相同。

4.層流架係統

籠具放在潔淨的水平層流空氣中。常用於小規模飼養，但在一般房間進行飼養、操作和處理時有被汙染的危險性。可用於半屏障的補充。

5.開放係統

是對人、物、空氣等進出房間均不施行消除汙染的係統，但通常要進行某種程度的清潔管理。